Acabei de criar um aplicativo de linha de comando que exatamente (além de mostrar algumas estatísticas) e procurei para ver se alguém estava tentando fazer isso para que eu pudesse compartilhá-lo e salvar alguém de ter que descobrir isso.
Foi muito divertido escrever. Requer o .NET 3.5, funciona a partir da linha de comando, chame com -h ou nenhum parâmetro para uso.
MoveFilesUpFromSubfolders ( código-fonte)
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Ah, e uma imagem da sua aparência: