Veja algumas dicas.
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Alguns BIOSes são problemáticos. Um bom BIOS deve ignorar dispositivos inválidos ou desconhecidos, mas nem todos eles fazem por qualquer motivo. Tente atualizar seu BIOS. Eu adicionarei isso a mim, parece que quando os PCs começaram a ganhar a habilidade de inicializar de outras coisas além de um disco rígido local ou de disquete, bugs estranhos estiveram presentes em BIOS e sistemas específicos.
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Algumas unidades USB suspeito de não implementar o padrão de armazenamento em massa USB 100% corretamente. Isso normalmente seria um problema com players de MP3 que se parecem com discos rígidos, dispositivos que realmente apresentam dois dispositivos de armazenamento para o sistema (eu tinha um MP3 player que apresentava seu armazenamento interno e externo como dois "subdispositivos" de armazenamento em massa e eu sempre para ter certeza de que ele foi desconectado durante a inicialização).
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Alguns dispositivos podem ser escamosos e estar causando o travamento do barramento ou outro comportamento estranho. Drives USB são baratos e é provável que ninguém se preocupe com QC'ing-los contra todas as combinações possíveis de hardware. Também é possível que o chipset da placa-mãe tenha idiossincrasias que só aparecem com dispositivos específicos.
So much so that when I boot, I try to make sure it doesn't have these devices plugged in.
Isto é o que eu faço com praticamente qualquer sistema, IMHO é uma prática recomendada.