Eu tive o mesmo problema com um aplicativo chamado mRemoteNG sozinho.
Eu consertei da seguinte maneira, sem redefinir todas as peças nem usando a linha de comando ou o PowerShell:
Eu procurei pelo atalho do aplicativo que é o dobro nos dois diretórios.
1 .:% appdata% \ Microsoft \ Windows \ Menu Iniciar
e
2 .: C: \ ProgramData \ Microsoft \ Windows \ Menu Iniciar \ Programas
Acabei de fazer uma cópia de backup do atalho e colocá-lo na minha área de trabalho; então mudei o atalho original do aplicativo da primeira localização para a segunda.
A razão para isso é que o Windows excluirá o atalho daquele local se você remover o bloco no menu Iniciar e também adicionará um, se você adicionar um atalho ao local.
Então eu mudei o atalho, esperei alguns segundos, abri o menu iniciar, os ícones ainda estavam lá. Então eu removi um deles; o outro simplesmente desaparece alguns segundos depois. Também faz o atalho daquele diretório.
O que você precisa fazer agora é copiar o atalho de backup da área de trabalho ou criar outro atalho do aplicativo que deseja fixar no menu Iniciar e copiá-lo para o mesmo local.
Aguarde alguns segundos e o ladrilho aparece no menu inicial uma vez. Não há mais entrada dupla para esse aplicativo.