Você pode modificar o arquivo em lote para que ele use um arquivo de bloqueio para continuar operando, inserindo verificações entre os comandos para a existência do arquivo. Para impedir que o arquivo em lote seja executado, basta excluir o arquivo de bloqueio.
Aqui está um arquivo de lote de demonstração:
echo xx > "c:\temp\lockfile"
pause
if not exist "c:\temp\lockfile" goto exit
pause
del "c:\temp\lockfile"
:exit
Para eliminar com violência os processos que podem estar em execução no momento, você pode criar um arquivo em lote 'kill' que conterá taskkill comandos para todas as tarefas possivelmente iniciadas a partir do arquivo de lote:
del "c:\temp\lockfile"
taskkill /im mytask1.exe
taskkill /im mytask2.exe