Esta é certamente uma solução suja, mas eu descobri uma maneira de fazer isso graças à dica do @hckh sobre locais. Se surgir uma resposta melhor, que seria mais útil para os outros, eu certamente a aceitarei, já que isso funciona apenas para o meu problema específico.
Defini a localidade como espanhola (boliviana) para que as vírgulas fossem tratadas como pontos decimais e, em seguida, a classificação numérica padrão funcionasse.
$ export LC_NUMERIC="es_BO.utf8"
$ cat test.csv
100,00869184
6492,8361
1234,31
200,04071
$ sort -n test.csv
100,00869184
200,04071
1234,31
6492,8361