Python e C ++ são os idiomas "default" do Ubuntu, ambos são mais usados que o java para desenvolvimento nativo. Não há nem mesmo um programa java na instalação padrão.
Agora, escolher entre esses dois é mais difícil. Você já tem experiência com python e pygame, por isso é uma ótima opção para começar rapidamente. Você será produtivo o mais rápido possível e seu jogo será multiplataforma. Mas o C ++ é muito mais rápido que o python. Se você está interessado em matemática pesada com estruturas de dados complexas, o ganho de desempenho pode valer a pena o esforço extra.