O Eclipse no Ubuntu (correto para 13.10) não pode usar corretamente plugins instalados no diretório inicial do usuário. Se você precisar do PyDev ou de quaisquer outros plugins não fornecidos pelo Ubuntu, sua única opção é instalá-lo manualmente:
- Desinstale o Eclipse do Ubuntu.
- Vá para Pasta Pessoal e pressione Ctrl + H .
- Exclua a pasta .eclipse .
- Reinstale o Eclipse com o link .