Se você estiver usando o cliente ftp da linha de comando do Windows, precisará usar mdelete
para excluir vários arquivos, pois delete
excluirá apenas um único arquivo.
Editar: respondendo às perguntas adicionais nos comentários.
Se você quiser colocar esses comandos em um arquivo para poder executá-los como um tipo de processo em lote, você pode criar um arquivo de texto e colocar os comandos em sequência:
prompt
mdel *
quit
Você pode executar isso como uma única etapa com o parâmetro -s
.