Eu uso muitos aplicativos portáteis e uso dois programas feitos especialmente para isso. Ambos fazem a mesma coisa, mas de maneiras diferentes.
eXpresso (feito usando AutoHotkey ) intercepta cliques do mouse e altera a ação para abrir qualquer programa com o qual você associe o tipo de arquivo.
Associador de arquivos portátil (feito usando AutoIt ) faz entradas de associação de arquivo na seção de registro HKCU, que não precisa de direitos de administrador e pode ser definida para removê-los quando o programa é encerrado. Eu prefiro este, como também pode ser feito para fazer as entradas e depois sair sem remover as associações, o que é útil em meus próprios computadores (as instruções para uso mais avançado estão em um arquivo em algum lugar na pasta do programa). A maneira como funciona também permite definir ícones para os tipos de arquivo. Quando você faz o download desse programa, a senha do arquivo está no nome do arquivo.
Os programas criados com AutoIt e AutoHotkey podem, por vezes, ser sinalizados como vírus por programas antivírus, pois foram criados vírus, mas esses programas são totalmente seguros.