Se você estiver usando o Linux, você pode usar
find -iname \*.zip -exec unzip {} \;
(depois de instalar o unzip
)
No Windows, você pode usar
FOR /F "usebackq" %a in ('DIR /s /b *.zip') do 7z.exe e %a
Supondo que você tenha 7z.exe
em seu PATH. Execute esse comando na pasta onde você deseja (recursivamente) descompactar todos os arquivos zip.