O FAT tende a ser o que eles colocam em flash drives porque é o único sistema de arquivos que opera em todos os principais sistemas operacionais.
NTFS tende a ser para pessoas que
- Use o Windows e
- Prefiro desempenho em relação à segurança
(o FAT escreve de uma maneira que minimiza o agrupamento de gravação com o sacrifício de desempenho).
Embora pareça que você está usando o Linux fora dele. Nesse caso, o ext4 é praticamente tudo o que você vai tirar disso. É o registro em diário para que a integridade dos dados seja mantida e seja razoavelmente rápida e estável.
Palavra de conselho com USBs Linux, no entanto: a menos que você use algo como Slax ou Puppy Linux, sua unidade não durará muito mais que 2, talvez 3 anos.