Um ffmpeg recente com o filtro de vídeo 'fade' pode fazer isso. Infelizmente, o ffmpeg nos repositórios do Ubuntu não tem filtros habilitados por alguma razão vazia, então você terá que obtê-lo de algum outro lugar (veja aqui ).
Para aparecer a partir do preto, começando no quadro 0, mais de 50 quadros (2 segundos a 25 fps):
ffmpeg -i input.mp4 -filter:v 'fade=in:0:50' \
-c:v libx264 -crf 22 -preset veryfast -c:a copy output.mp4
Para desaparecer a partir do quadro 21000 (14 minutos a 25 fps), mais de 50 quadros:
ffmpeg -i input.mp4 -filter:v 'fade=out:21000:50' \
-c:v libx264 -crf 22 -preset veryfast -c:a copy output.mp4
Você pode combinar os dois em uma cadeia de filtros:
ffmpeg -i input.mp4 -filter:v 'fade=in:0:50,fade=out:21000:50' \
-c:v libx264 -crf 22 -preset veryfast -c:a copy output.mp4
Como você pode ver nesses exemplos, é necessário transcodificar o vídeo ao usar um filtro de vídeo. Como o ffmpeg e o mencoder compartilham muitas bibliotecas, deve ser bastante fácil reescrever seus scripts para usar o ffmpeg em vez do mencoder & evite uma codificação extra desnecessária. Tenho certeza que você pode conseguir a mesma coisa no mencoder, mas eu não sei a sintaxe do mencoder.