Até onde eu sei, a configuração do Windows é muito dispersa para fazer um backup confiável, entre muitos arquivos e locais no registro.
É impossível fazer backup do registro em uma máquina e restaurá-lo em outra (ou até mesmo na mesma), porque muitas chaves são muito específicas para a máquina e porque algumas delas são protegidas pelo Windows.
A restauração do sistema visa manter o estado da máquina, mas não é confiável, pois decidirá quais backups serão excluídos para economizar espaço e terá outros problemas negativos, como não estar disponível no Windows 2000.
A única solução universal que posso ver é a imagem do disco do sistema em sua totalidade e para restaurá-lo quando necessário, usando um produto de imagem de disco.
Existem vários produtos de imagem de disco de qualidade muito boa, o que posso recomendar se você achar que essa solução lhe interessa. Vários deles mantêm um repositório de imagens com descritivo. Embora os melhores sejam comerciais, os freeware ainda são muito bons.
A criação de imagens em disco funciona melhor quando a unidade do sistema não contém dados do usuário.