Deve ser bem fácil. Para a maioria dos roteadores Linksys, será algo assim: Vá para a interface de administração do seu roteador, (apenas aponte seu navegador da Web para o roteador. Eu acho que o padrão é 192.168.1.1, mas você deve ser capaz de dizer do seu pc usando "tracert google.com": o roteador deve ser a primeira entrada) e clique na aba "Restrições de acesso" e abaixo você verá algumas abas que dizem "Serviços bloqueados" com um botão abaixo diz "Adicionar / Editar Serviço"
Clique no botão Adicionar / Editar e insira o intervalo de portas que você deseja bloquear. Limewire padrão para 6346.
Infelizmente, as versões disponíveis não permitem um controle refinado. Se você publicar o modelo de hardware do seu roteador, procurarei por firmwares atualizados. Se você puder encontrar algo que ofereça suporte completo ao IPTables, você pode fazer listas de permissões de portas, que é o melhor caminho a seguir ... Bloqueie TUDO, exceto as coisas que você quiser.
@Nik: Sim, você está certo. Mas isso é tudo o que você pode fazer com um link de prateleira. Configurar o afogamento de largura de banda e tal requer a configuração de um proxy real, e isso praticamente requer um servidor, e um grande volume de conhecimento (ou um monte de dinheiro pronto).
Se eu fosse fazer isso, eu configuraria um proxy do squid para acelerando pelo conteúdo , e se isso não funcionasse, eu acabaria com os usuários do meu problema (ou demiti-los).