Darn quase impossível (ou pelo menos impraticável). A proporção de usuários de computador que usam dual-boot Windows / Linux é tão pequena que não vale a pena alguém escrever o código necessário para acessar uma partição Linux do Vista e corrompê-la. E isso teria que ser feito intencionalmente; Tenho certeza de que é seguro dizer que o Windows não terá um grande bug no código do sistema de arquivos que causa estragos no HD com total desconsideração dos limites das partições.
Então, o que estou dizendo, em termos menos que eloqüentes, é não se preocupar com isso. Em absoluto. (A menos que você instale um driver para acessar sua (s) partição (ões) Linux do Windows, então, você pode querer se preocupar um pouco.)