Acredito que você está experimentando o link .
Em suma, rsync
usa a palavra "arquivo" de maneiras diferentes, dependendo do contexto. Na sua primeira contagem de "Número de arquivos", conta tudo. Em seu segundo "Número de arquivos transferidos", ele não conta links e diretórios simbólicos como arquivos.
Exemplo:
$ mkdir test
$ touch test/testfile
$ ln -s testfile test/testlink
$ ls -FR test
test:
testfile testlink@
$ rsync -vrlHh --stats test test2
sending incremental file list
created directory test2
test/
test/testfile
test/testlink -> testfile
Number of files: 3
Number of files transferred: 1
Total file size: 8 bytes
Total transferred file size: 0 bytes
Literal data: 0 bytes
Matched data: 0 bytes
File list size: 67
File list generation time: 0.001 seconds
File list transfer time: 0.000 seconds
Total bytes sent: 126
Total bytes received: 38
sent 126 bytes received 38 bytes 328.00 bytes/sec
total size is 8 speedup is 0.05
$ ls -FR test2
test2:
test/
test2/test:
testfile testlink@