Como você pode ver neste artigo da MS Compatibilidade entre as versões x86 e x64 do Office , não há muitos problemas entre a operação normal da versão x86 e x64 para o usuário normal; No entanto, existem problemas ao usar o VBA em arquivos do Office, mas o artigo lista a solução alternativa para isso e os complementos do x86 (que são os mais disponíveis) não funcionariam.
Os benefícios são que o office x64 pode usar mais memória para trabalhar com arquivos grandes, e também o limite de tamanho dos arquivos não é restrito a 2GB.
Os arquivos criados com a versão x64 do Office são totalmente compatíveis com as versões x86, desde que seu tamanho seja inferior a 2 GB e tenham compatibilidade com o novo tipo de arquivo (Office 2007 e superior, docx, xlsx, etc.)