De esta página . A área importante é no final, para o Windows XP e sistemas operacionais posteriores:
Windows XP and Windows Server 2003
Regedit.exe
Regedit.exe is the configuration editor for Windows XP and Windows Server 2003. Regedit.exe is used to modify the Windows NT configuration database, or the Windows NT registry. This editor allows you to view or modify the Windows NT registry. .... Regedit is a powerful tool. You must use extreme caution when you use it to change registry values. Missing or incorrect values in the registry can make the Windows installation unusable.Regedt32.exe
In Windows XP and Windows Server 2003, Regedt32.exe is a small program that just runs Regedit.exe.
Não há diferença, o regedit.exe é o editor de registro real e o regedt32.exe é simplesmente uma alternativa (para compatibilidade de programas anteriores, ou seja, para programas antigos do Windows NT) para executar o regedit.