A maneira mais fácil de pensar é com um pequeno script do PowerShell . Se você estiver executando o Windows 7, você deve instalá-lo já, se não visitar Microsoft.com para fazer o download e instalá-lo. O link fornece uma descrição detalhada, mas o jist da operação está incluído aqui para sua conveniência.
Abra o PowerShell e insira isto:
(gci C:\Scripts -r | ? {$_.PSIsContainer -eq $True}) | ? {$_.GetFiles().Count -eq 0} | select FullName
Mude C: \ Scripts para o que você quiser pesquisar, você pode até mesmo configurá-lo para apenas C: \ se você quiser verificar toda a unidade.
Ele lhe dará uma saída como essa (note que estes são os diretórios vazios abaixo de C: \ Scripts.
FullName ------- C:\Scripts\Empty C:\Scripts\Empty Folder 2 C:\Scripts\Empty\Empty Subfolder C:\Scripts\New Folder\Empty Subfolder Three Levels Deep
Se você olhar no PowerShell um pouco, tenho certeza de que será capaz de descobrir como excluir automaticamente as pastas vazias, se quiser (embora eu recomende contra, apenas no caso.)
Editar : Como Richard mencionou nos comentários, para um diretório realmente vazio, use:
(gci C:\Scripts -r | ? {$_.PSIsContainer -eq $True}) | ?{$_.GetFileSystemInfos().Count -eq 0} | select FullName