OK, então você diz que definitivamente não é causado por KB3034196. Então sugiro um diagnóstico mais detalhado. Tente manter fechadas suas ferramentas ou outros utilitários, mesmo aqueles em execução na área de notificação.
Os possíveis candidatos para a edição são:
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Remote Desktop ou TeamViewer (cada um tem seus próprios problemas que afetam o restante das janelas de tempos em tempos. Alguns estão relacionados ao teclado, alguns ao mouse. Poucos deles são sérios.)
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Winamp (veja postar em outro fórum )
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HipChat
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qualquer outra ferramenta ou utilitário que você normalmente não suspeitaria. Comece com aqueles típicos do seu computador, que poucas pessoas usam (por isso, não será o utilitário da placa gráfica ...)
Quando a situação com o Windows no topo surgir novamente e se tornar insuportável, decida sacrificar o conforto pelos próximos minutos ou horas de trabalho no seu computador e começar a desistir / matar todas as ferramentas. Seja sensível quando vai parar de acontecer. Dessa forma, eu peguei o Remote Desktop e o Team Viewer quando eles estavam fazendo seus efeitos colaterais estranhos.
Se o problema não for resolvido, tente até mesmo inicializar sem suas ferramentas favoritas. Exclua-os um por um ou em pares ou trigêmeos. (Então trabalhe uma semana sem eles, etc.)
Se você encontrar o problema no Windows limpo, então é um problema, mas da minha experiência é improvável. Na maioria dos casos, alguma ferramenta / utilitário que você está usando não está escrito corretamente e afeta todo o sistema. Tente descobrir isso para a configuração do seu PC. Não tenho certeza se existe alguma mágica para encontrar o caminho mais rápido do problema. Eu estava sempre indo pelo caminho mais difícil, como descrevi acima, mas consegui os resultados. Boa sorte.