Após alguns testes, posso confirmar que o OneNote sempre usa o idioma de entrada definido no painel de controle Região e Idioma.
No entanto, você pode combinar qualquer idioma de entrada com qualquer layout de teclado (pelo menos no Windows 7), então a correção (esperançosamente temporária) é adicionar um novo idioma de entrada combinado com o layout original do teclado.