Você pode remover essas pastas da lista do File Explorer editando o registro.
No Regedit, navegue para
HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Explorer\MyComputer\NameSpace\
De lá, você pode excluir qualquer uma ou todas as subchaves que se referem às pastas:
- Pasta Desktop - {B4BFCC3A-DB2C-424C-B029-7FE99A87C641}
- Pasta de documentos - {A8CDFF1C-4878-43be-B5FD-F8091C1C60D0}
- Pasta de downloads - {374DE290-123F-4565-9164-39C4925E467B}
- Pasta de músicas - {1CF1260C-4DD0-4ebb-811F-33C572699FDE}
- Pasta de imagens - {3ADD1653-EB32-4cb0-BBD7-DFA0ABB5ACCA}
- Pasta de vídeos - {A0953C92-50DC-43bf-BE83-3742FED03C9C}
Para mais informações, você pode siga este guia no HowToGeek.com.