Consegui resolver o problema sozinho.
Lembre-se da minha pergunta que eu tinha o novo disco rígido conectado ao computador através de uma placa usb de um disco rígido externo antigo. Eu contornei usando isso e conectei a nova unidade diretamente na minha placa-mãe. Consegui formatar os 4 TB da unidade como esperado. Estranhamente, peguei o novo drive e o coloquei de volta na placa usb antiga e o windows não teve problemas para ver todos os 4TB. A placa deve ter apenas um problema relatando o espaço não alocado para o Windows. Obrigado aos outros que responderam ou comentaram.