Existem basicamente duas maneiras de fazer isso, a primeira é a forma clássica, você terá a fonte com:
Clássico
$ apt-get source package
Então você poderá modificá-lo:
$ cd package
$ vim some_file
Reconstrua-o:
$ sudo apt-get build-dep package
$ dch -i (which will open your editor to edit the changefile, here's where you can increment the package version)
$ debuild -us -uc -b
E instale-o:
$ sudo dpkg -i ../package.deb
Nova abordagem do Ubuntu
A nova maneira (o caminho do Ubuntu) é usando ramificações bzr, você obterá o código usando:
$ bzr branch lp:ubuntu/package #which will download the latest ubuntu package (the precise one)
$ bzr branch lp:ubuntu/oneiric/package #to get the package in oneiric
Você também pode obter o código usando:
$ pull-lp-source package #lp-source is part of the ubuntu-dev-tools pkg
pull-lp-source costumava ser chamado apenas de lp-source em versões mais antigas.
Então você poderá editá-lo:
$ cd package
$ vim some_file
Reconstrua-o:
$ dch -i
$ debcommit
$ bzr bd -- -b -us -uc
E instale-o:
$ sudo dpkg -i ../package.deb
Eu recomendo que você verifique o guia de empacotamento do Ubuntu para conhecer os detalhes.
Além disso, você pode resolver problemas se o pacote depender de outros