Novos arquivos criados através do Windows Explorer possivelmente não aparecem no bash porque não possuem atributos especiais do LXSS NTFS.
Quando o LXSS cria arquivos na raiz do LXSS, ele anexa informações adicionais a eles por meio de atributos do NTFS para armazenar itens que não podem ser representados pelos atributos padrão do NTFS, como as permissões de arquivo do Linux. Se estes estão faltando, os arquivos não aparecem.
Isso é suportado pelo fato de que, se você criar um arquivo no bash e, em seguida, fizer uma cópia dele com o Windows Explorer, ele aparecerá no bash. Isto é presumivelmente porque todos os atributos especiais do LXSS foram duplicados com o arquivo.
A camada do sistema de arquivos LXSS também aparece para armazenar em cache o sistema de arquivos, portanto as entradas de diretório no bash não refletirão o estado real do sistema de arquivos se os arquivos forem incluídos ou excluídos até que todos os terminais bash sejam interrompidos (o que encerra a sessão LXSS em o serviço LXSS e, portanto, limpa o cache).