Parece haver um bug no script de inicialização para dnsmasq que usa resolvconf para chobber o resolvedor local se a interface de loopback local não for explicitamente except -ed no arquivo /etc/defaults/dnsmasq .
A resposta curta é que você pode adicionar ...
DNSMASQ_EXCEPT=lo
para /etc/defaults/dnsmasq para resolver o problema.
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