O desfragmentador não tem para onde mover os arquivos grandes: todo o espaço livre é distribuído uniformemente em pequenos pedaços, então não haveria nenhuma melhoria se $ VERYBIGFILE mudasse de, digamos, 20 partes próximas para 10 partes espalhadas pedaços inteiros.
Uma das etapas feitas pelo desfragmentador é a compactação de arquivos, na qual arquivos contíguos, mas separados, são embaralhados para formar um único bloco de dados. Tente executar isso algumas vezes, e isso deve melhorar com o tempo.
Você também pode tentar contig -v somebigfile
para desfragmentar arquivos um por um.