Existe um pacote chamado hexedit que aparece na pesquisa de pacotes do Cygwin, que Eu suponho que seja uma porta da mesma ferramenta que está disponível na maioria das distribuições Linux sob o mesmo nome.
Eu usei o dito utilitário (como instalado nos repositórios do Debian) no Linux, e ele fez o trabalho que eu queria que ele fizesse. Eu não tentei a versão no Cygwin, então pode ser uma ferramenta diferente com o mesmo nome.