Outra opção é kdenlive . Novamente, isso é restrito ao Linux e Mac.
Aqui é um tutorial para usar o Chromakey.
Euquerocriarumvídeointrodutórioeducacional,emqueotutorseposicioneeexpliqueumassunto,eoplanodefundoéumailustraçãodesseassunto.Issoéfeitousandoumatécnicachamada
Existe uma ferramenta gratuita que pode me ajudar a mesclar meus vídeos usando o Chroma Key?
Esclarecimento: Eu prefiro soluções de código aberto que funcionam bem no Ubuntu.
Referência: Esta questão lida com Chroma key, mas é sobre vídeo em tempo real (que eu não preciso) e as respostas sugerem software proprietário.
Se você precisar de um editor de vídeo de código aberto, poderá tentar o Open Shot Video Editor para Linux. Eles estão, tanto quanto eu sei, trabalhando em uma versão do Windows.
Aqui é um rápido tutorial em vídeo sobre como aplicar o chromakey.
Lightworks , que funciona para o Windows, é outra alternativa que suporta o Chromakey.
Eu gosto do Cinelerra-cv (e do Cinecutie fortk). Ambos estão disponíveis para o Ubuntu. Ambos vêm com plugins Chromakey. Existem vários vídeos tutoriais disponíveis no YouTube para mostrar como funciona, além de várias páginas da web. (Pesquisando em algo como o Google irá encontrá-los.)