Não há recurso embutido para "proteção por senha" no sentido usual. (Todas as sugestões para criar uma "pasta compactada" protegida por senha devem ser ignoradas devido à "segurança" incrivelmente fraca da criptografia ZIP 2.0.)
No entanto, versões recentes do Windows (XP Pro, Vista Business / Enterprise / Ultimate, 7 Pro / Enterprise / Ultimate) suportam Sistema de Arquivos Criptografados (mais comumente EFS). Clique com o botão direito em um arquivo ou pasta, abra Propriedades → Avançado e ative Criptografar conteúdos .
No EFS, os arquivos são criptografados usando um certificado associado à sua conta de usuário do Windows, e sua senha do Windows é usada para proteger o certificado. Se outro usuário estiver logado ou se você perder seu certificado, o arquivo não poderá ser acessado. (O Win 7 solicita que você faça um backup do certificado; em outras versões, você pode exportá-lo através de certmgr.msc
.) Também é possível adicionar vários certificados de usuários ao mesmo arquivo.