Quando tive esse problema, cliquei com o botão direito do mouse em uma pasta e 'Open In New Window' foi a primeira opção. Por isso, é por isso que clicar duas vezes em uma pasta abre uma nova janela.
HKEY_CLASSES_ROOT \ Folder \ shell altere o (padrão) para aberto (que deve corresponder à subchave 'open') e isso deve ser feito isso.
A maneira como eu o consertei originalmente foi que baixei um programa chamado ContextEdit versão 1.2 pela Ziff-Davis Media, Inc. Uma vez aberto, vá até Pasta , clique em 'abrir' e clicar em 'Definir padrão' . Deve dizer "PADRÃO" à esquerda da palavra "aberto". No meu PC havia duas opções de pasta, é a que tem 'opennewwindow' sob comandos shell.