Para o sistema operacional, o desligamento e a reinicialização são praticamente a mesma coisa.
O sistema operacional será desligado normalmente nos dois casos. A única diferença é o sinal enviado para o hardware no último momento.
Para desligar / reinicializar o computador, o sistema operacional enviará um sinal especial ao hardware assim que terminar de desligar. É apenas esse sinal que será diferente entre uma reinicialização e um desligamento.
A maneira como o sinal é enviado depende da plataforma de hardware exata. Nos sistemas modernos, isso geralmente é feito por meio de ACPI .