Minha intuição é que o OS X e seus aplicativos não foram projetados para operar em várias instâncias. Quando dois processos estão fazendo alterações nos mesmos arquivos .plist de preferência simultaneamente, você pode obter um comportamento não intencional. Alguns aplicativos são projetados para funcionar em uma configuração de "biblioteca de projetos", como o GarageBand e o novo iMovie (esses aplicativos só podem funcionar em um projeto de cada vez), mas se o Xcode permitir que você abra vários projetos ao mesmo tempo, definitivamente o caminho para seguir. Quase todos os aplicativos baseados em documentos funcionam dessa maneira, ex: Office, TextEdit, Safari.
Se você é novo no Mac, logo ficará aparente que uma janela não é a mesma coisa que um aplicativo em execução. Um único aplicativo pode ter muitas janelas por vez, e fechar todas essas janelas individualmente não necessariamente fecha o aplicativo (embora isso ocorra ocasionalmente, consulte Preferências do sistema.) Em vez de alternar entre janelas com alt-tab, você alterna entre aplicativos com Command-Tab e alterna entre as janelas abertas do aplicativo com Command- '(backtick, na tecla ~). Ao fechar os aplicativos, adquira o hábito de escolher sair do menu do aplicativo (ou pressionar Command-Q) em vez de x-out em todas as janelas abertas. Na maioria dos casos, isso deixaria o aplicativo ainda em execução com 0 janelas abertas. Os aplicativos em execução são indicados com uma luz brilhante sob seus ícones de encaixe e também serão exibidos no alternador de aplicativos Command-Tab.
Protip: para encerrar vários aplicativos rapidamente, mantenha pressionada a tecla Comando, use Tab ou Shift-Tab para selecionar cada aplicativo que você deseja fechar e faça com que q envie a cada um um comando para sair. Em seguida, solte a guia para alternar para o aplicativo que você deseja usar quando estiver selecionado.