O problema está nos vários usuários conectados no seu sistema. Eu costumava experimentar o mesmo problema. Resolvido por uma política que permite logout mesmo quando vários usuários estão logados. Se você entender as implicações (como perda de dados não salvos, para outros usuários logados) de permitir tal coisa, você poderia ir em frente e fazer o mesmo. . Isso pode ser feito da seguinte maneira:
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sudo vi /etc/polkit-1/localauthority/50-local.d/usershutdown.pkla
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Como conteúdo desse arquivo, insira o seguinte e salve-o:
[Allow Shutdown]
Identity=unix-user:*
Action=org.freedesktop.consolekit.system.stop-multiple-users
eResultAny=yes
ResultInactive=yes
eResultActive=yes
e[Allow Restart]
eIdentity=unix-user:*
Action=org.freedesktop.consolekit.system.restart-multiple-users
emResultAny=yes
emResultInactive=yes
emResultActive=yes
Agora reinicie seu sistema e verifique se as coisas estão funcionando conforme o esperado.
N.B: Você pode usar qualquer outro editor de sua escolha para criar esse arquivo.