Há um recurso SATA chamado PUIS (ativação em espera). Requer suporte do seu BIOS, discos rígidos e SO também. Alguns discos rígidos podem ser ativados por meio de pinos, alguns podem ser ativados via hdparm -s . Isto é o que diz hdparm manual:
Enable/disable the power-on in standby feature, if supported by the drive. VERY DANGEROUS. Do not use unless you are absolutely certain that both the system BIOS (or firmware) and the operating system kernel (Linux >= 2.6.22) support probing for drives that use this feature. When enabled, the drive is powered-up in the standby mode to allow the controller to sequence the spin-up of devices, reducing the instantaneous current draw burden when many drives share a power supply. Primarily for use in large RAID setups. This feature is usually disabled and the drive is powered-up in the active mode (see -C above). Note that a drive may also allow enabling this feature by a jumper. Some SATA drives support the control of this feature by pin 11 of the SATA power connector. In these cases, this command may be unsupported or may have no effect.
Naturalmente, você não deve montar nenhum sistema de arquivos na unidade durante a inicialização, caso contrário a unidade girará quando você tentar montar qualquer coisa nela, e isso introduzirá um longo atraso durante o processo de inicialização ...