Eu configurei recentemente o Gwibber e o Thunderbird, mas sempre que há novos e-mails ou tweets, o ícone do indicador de mensagem não muda para o ícone da nova mensagem. Atualmente estou usando o tema de ícone Faenza-Ambience, mas também tentei o tema padrão do Ubuntu-mono-escuro e o problema ainda persiste. Isso é um bug ou um recurso? Como posso obtê-lo para indicar novas mensagens?
Estou em 12.04.
Você está usando o shell Unity ou GNOME?
Eu não sei sobre o Unity, mas o Thunderbird não se integra muito bem com a bandeja de mensagens do gnome-shell. Uma solução possível, que também pode funcionar no seu caso, é instalar uma extensão do Thunderbird como FireTrayR ou similar.
Seu ícone de mensagem não será exibido quando você receber um novo e-mail, a menos que você abra o Thunderbird. Isso ocorre porque o Thunderbird não é executado em segundo plano e verifica se há novos e-mails.
Não tenho certeza sobre o Gwibber, mas acho que você pode alterar as coisas que são notificadas nas configurações do programa.
Espero que isso ajude.