As versões beta são independentes umas das outras. Você pode instalá-los simultaneamente ou não.
Basta arrastar e soltar a versão beta que você não quer mais para a lixeira, montar a versão mais recente e copiá-la para a pasta de aplicativos (ou onde quer que você instale seus aplicativos, se diferente).
Certifique-se de atualizar suas ferramentas de linha de comando do portal dev quando aplicável também (até o momento, o Xcode 6 B3 não possui atualizações de ferramentas de linha de comando).
Se você quiser ser pedante no processo de desinstalação, além do diretório Applications, o Xcode também instalará arquivos nos seguintes diretórios:
/Users/[USER]/Library/Caches
/Users/[USER]/Library/Caches
~/private/var/folders/60/[key]/C
/Users/[USER]/Library/Caches/com.apple.dt.Xcode.savedState
/Users/[USER]/Library/Preferences
/Users/[USER]/Library/Application Support
Se você quiser removê-los, os próprios arquivos individuais serão fáceis de identificar, pois os nomes deles mencionam 'xcode' em algum momento.
EDIT As novas ferramentas de linha de comando para o Xcode 6 B3 já estão disponíveis: link