Se você quiser incorporar vídeo para reprodução na própria nota, não acredito que isso seja possível, ou ainda não descobri uma maneira de fazê-lo.
Se você adicionar arquivos do tipo de mídia do Windows, o OneNote usará um player interno para reprodução, mas abrirá o vídeo em sua própria janela. (Seria bom se você pudesse adicionar notas ao vídeo em horários / frames específicos.)
O melhor que fiz para o YouTube é baixar o vídeo e, em seguida, colocar o arquivo .flv em um link. O OneNote usará um player externo quando você clicar no vídeo. Existem extensões de navegador que permitem que você pegue o vídeo de uma página específica do YouTube. Isso tem a vantagem de manter o vídeo pelo tempo que você mantiver os arquivos de anotações.