Demorou um pouco, mas agora encontrei uma solução alternativa. FAQ do openbox.org FAQ vinculado a um pequeno programa (chamado setlayout ) que está fazendo o trabalho
Você tem que compilar com:
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sudo aptitude install libx11-dev
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gcc setlayout.c -o setlayout -lX11
Chame com: ./setlayout 0 2 2 0