Se a transferência de um executável do sistema A para o sistema B mudar de alguma forma, e transferi-lo de volta para o sistema A aparentemente o altera, então eu diria que é um sinal comum de um vírus infecção. Isto é, o arquivo EXE está infectado. No entanto, no sistema original (A) esse vírus está ativo e faz com que o tamanho do arquivo seja relatado como era originalmente. No entanto, verificando o arquivo copiado em um sistema "limpo" (B), você pode ver a diferença.
Meu conselho é, carregar o arquivo EXE do sistema B (onde o arquivo parece ser maior) para o VirusTotal , que terá verificado com muitos antivírus simultaneamente, em questão de minutos. Se o arquivo estiver infectado, você provavelmente o saberá.