Abra o controle de volume do gnome e escolha line-in na guia de entrada.
NB: Enquanto a imagem está desatualizada, nas versões mais recentes do Ubuntu isso foi testado e funciona. No entanto, os resultados podem variar dependendo da placa de som. Se você encontrar problemas, faça uma nova pergunta, vinculando a essa pergunta para o contexto.
Em seguida, em audacity, assegure-se de que esteja configurado para gravar a partir do Pulse. Isso garantirá que registre o que o pulseaudio está gravando.