Você pode mudar isso, é apenas enterrado nas centenas de opções de configuração do VLC. Abra a caixa de diálogo de preferências do VLC (Ferramentas- > Preferências) e, em seguida:
- Clique no botão de opção Mostrar todos, no canto inferior esquerdo.
- Selecione a categoria "Vídeo".
- Atualize o valor "Ocultar cursor e controlador de tela cheia após x milissegundos" para o tempo limite desejado.