O que eu estou oferecendo é pouco mais que uma teoria. Pode levar a lugar nenhum.
Existem gerenciadores de janelas alternativos, como bluetile , xmonad e awesome que podem aninhar várias janelas em uma configuração agradável de ladrilhos (ou seja, todas as janelas filho são colocadas lado a lado, em vez de poderem se sobrepor.
Eles podem todos (e há muito mais do que apenas aqueles) ser roteirizados em vários idiomas. bluetile e xmonad usam Haskell enquanto awesome usa lua.
O problema é que eles substituem o gerenciador de janelas padrão. bluetile é o único projetado para funcionar junto com os componentes tradicionais do Gnome, para que você tenha a maior sorte inicial com isso. De qualquer forma, você pode lutar para manter tanto um desktop tradicional e ser capaz de trocar por um lado a lado. Você pode descobrir que criar um novo usuário para cada projeto em que cada um tenha sua própria configuração de área de trabalho é o que funciona melhor.
Dito isto, você pode achar que prefere um desktop lado a lado para tudo.