Eu tive esse mesmo problema no meu 6.2 MBP. Tem um cartão nVidia. Se você estiver usando um modelo ATI, então não tenho certeza.
Primeiro restaure sua NVRAM e SMC apenas para garantir que não haja problemas de instalação ou configuração do OS X ou qualquer coisa assim. Tenha em mente que nenhum desses deve ser feito com muita freqüência, mas de vez em quando não faz mal, e porque o Linux não "armazena" nada da sua configuração lá, deve estar tudo bem. Lembre-se de que o OS X terá algumas configurações redefinidas.
Em seguida, certifique-se de instalar o nvidia-experimental-304 ou melhor. Versões anteriores não detectaram plugues quentes do monitor na porta de exibição (para mim).
Lembre-se de que todas as regras "Mac" ainda se aplicam. Você não pode fechar a tampa da bateria e manter o laptop ligado, não importa o que você faça.
Agora para configuração. Vá para Configuração do sistema e depois para gerenciamento de energia e certifique-se de desativar a suspensão quando a tampa estiver fechada e ligada. Pode também deixá-lo ativo na bateria como nada vai parar isso.
Agora, verifique se você tem um teclado conectado e feche a tampa. A tela do seu laptop ficará preta, assim como o seu monitor externo. Pressione um botão e seu monitor continuará (este é um recurso de hardware que o OS X também faz).