Me deparei com a postagem do blog Ajuda! Depois de instalar o Windows 8.1, meu pendrive desaparece ou as transferências de arquivos param inesperadamente… ao tentar resolver problemas com minha unidade Seagate Expansion de 3 TB que desligaria após alguns minutos sem acesso, apesar da configuração de economia de energia para "nunca" desligar.
Isso começou a acontecer depois de uma nova instalação do Windows 8.1. Eu segui as instruções sobre um hack do registro e o problema foi corrigido.