Duas ideias:
bom
Execute seu programa com uma prioridade muito baixa em segundo plano. Use o comando nice
para isso
nice -n 19 your_command &
19 é a menor prioridade. Você poderia criar uma entrada de autostart para isso em ~/.config/autostart/
Isso funciona melhor para tarefas intensivas da CPU, não para as intensivas em E / S.
Uma desvantagem é que ele está sempre em execução.
gancho dbus
O protetor de tela do Gnome dispara um evento dbus; Quando esse evento é disparado, você pode invocar um script.
Veja Como você faz o Ubuntu executar automaticamente um programa toda vez que a tela é desbloqueada? no superuser.com.
Eu não tentei isso embora.