Minha recomendação mais direta para a sua biblioteca de áudio sem perdas é ficar com o Flac. É o principal padrão aberto para áudio sem perdas.
Muitos jogadores não suportam flac porque não há muita demanda por áudio digital sem perdas. :-( Ele ainda tem mais suporte geral do que qualquer um dos formatos proprietários sem perdas.
Algo que você deve lembrar quando for revisar sua coleção no futuro, é que a cópia digital sem perdas de um CD ainda terá no máximo a qualidade de som do CD. O que em si é uma compactação com perdas pequenas da gravação em estúdio, que em si é uma cópia um pouco barulhenta da performance do estúdio ao vivo. O efeito cumulativo de todo esse ruído resulta em uma perda líquida de qualidade de som comparável à perda de fidelidade de Flac para Ogg, Acc ou algumas das outras compressões com perdas mais avançadas. Assim, uma futura compressão com perdas derivada das gravações de estúdio originais pode ter uma qualidade de áudio maior que a do seu CD.