Primeiramente, apenas um heads-up, ⌘ H ocultará o aplicativo ativo.
Como você mencionou que gostaria de impedir que o aplicativo adicionasse um ícone extra ao encaixe quando você minimiza, essa é uma solução.
Visite System Preferences -> Dock e marque a caixa "Minimizar janelas no ícone do aplicativo". Marcar essa opção produz o resultado óbvio, deixando você com menos ícones de encaixe quando os aplicativos são minimizados.
