Você pode usar o programa signtool
para remover suas assinaturas digitais. Essa ferramenta é fornecida com o Windows SDK ou com o Visual Studio, embora você possa tem que ajustar algumas configurações primeiro. Ele só aparece no seu PATH
se você iniciar o Prompt de Comando do Visual Studio Developer.
Para mim no Windows de 64 bits com o mais novo VS2015, o programa está aqui:
C:\Program Files (x86)\Windows Kits\bin\x86\signtool.exe
Depois de encontrá-lo, use este comando como administrador:
signtool remove /c C:\path\to\file.exe
O caminho do arquivo que você precisará fornecer aparecerá na caixa de diálogo do UAC quando você tentar iniciar o EXE quebrado.