Isso deve ser possível com a API contentSettings no Chrome 15, pois você pode ativar o plug-in do PDF para todos os URLs, mas a opção de alterar por plug-in ainda não está incorporada ao navegador (consulte crbug.com/106917 ).
Em vez disso, você pode instalar a extensão Configurações de conteúdo por plug-in , acessar a página de opções da extensão, selecionar o visualizador de PDF e digite <all_urls>
como o padrão de nome do host e selecione "Permitir".
Isso fará com que o plug-in PDF seja executado em todos os sites, deixando outros plug-ins como padrão (por exemplo, clique-para-reproduzir), e isso fará com que os PDFs protegidos por senha funcionem também.
Atualização: O Chrome 17+ agora inclui uma caixa de seleção "Permitir" ao lado de cada plug-in na página de plug-ins chrome: // para fazer isso, mas não é tão flexível quanto a extensão vinculada acima.